Αγ Νικόλαος – ποταμός Χάλαρης – Να. Κωδικός: Τόπος Κοινοτικής Σημασίας(ΤΚΣ). Στη νότια πλευρά του νησιού (Αγ. Νικόλαος) βρίσκονται ασβεστολιθικοί βραχώδεις βιότοποι με απότομους γκρεμούς. Στην περιοχή αυτή εντοπίζεται σημαντικό ποσοστό της ενδημικής χλωρίδας του νησιού. Ο Χάλαρης, ποταμός μόνιμης ροής, διασχίζει το νησί με κατεύθυνση από νότια προς βόρεια. Παρόχθιες συστάδες πλάτανου περιβάλλουν την κοίτη του ποταμού. Ένας σημαντικός αρχαιολογικός χώρος, ο ναός της Ταυροπόλου Αρτέμιδος, εντοπίζεται στις εκβολές του ποταμού.
Φανάρι Ικαρίας. GR4120004 (NATURA 2000) Τόπος Κοινοτικής Σημασίας(ΤΚΣ). Το Φανάρι περιλαμβάνει θαλάσσιους οικοτόπους. Οι συγκεκριμένοι τύποι οικοτόπων, που χαρακτηρίζουν και ανοικτές θάλασσες, θεωρούνται τυπικοί για το θαλάσσιο περιβάλλον της Μεσογείου, με κύριους εκπροσώπους τις αμμώδεις ακτές και τις ποσειδώνιες. Αποτελεί ταυτόχρονα και Βιότοπο CORINE με ΚΩΔΙΚΟ: Ag0030072. Είναι το Βορειοανατολικό ακρωτήρι στην Ικαρία με απότομες βραχώδεις ακτές και αμμουδιές. Η περιοχή χαρακτηρίζεται από σταθερότητα, ως οικοσύστημα. Αποτελεί σημαντική περιοχή για την Μεσογειακή φώκια (Μonachus monachus) και για την Θαλάσσια χελώνα (Caretta caretta)., ενώ βασική απειλή του βιοτόπου εντοπίζεται στη λαθραλεία.
Όρος Αθέρας και περιοχή Πλαγιάς Ικαρίας. GR4120004 (NATURA2000) Τόπος Κοινοτικής Σημασίας(ΤΚΣ). Το όρος Αθέρας (ψηλότερη κορυφή 1.042 m) οριοθετείται στο κεντρικό τμήμα του νησιού και σχηματίζεται κυρίως από σχιστόλιθους. Η συχνή παρουσία ομίχλης και σχηματισμών νεφών στις κορυφές προκαλούν αυξημένη σχετική υγρασία αέρα, ακόμη και το καλοκαίρι. Στα σημεία αυτά ο ανοικτός τύπος βλάστησης θεωρείται αποτέλεσμα της βόσκησης. Οι λόχμες και μερικές προστατευμένες περιοχές αποδεικνύουν ότι ολόκληρο το νησί καλυπτόταν κάποτε με δάση. Αποτελεί και βιότοπο CORINE με ΚΩΔΙΚΟ: Ag0040069. Η περιοχή υποβαθμίζεται αργά. Οι ασβεστολιθικοί γκρεμοί έχουν τοπικά ενδημικά φυτά. Η περιοχή έχει σπήλαια, όπου έχει καταγραφεί Μεσογειακή Φώκια. Βασικές απειλές για την περιοχή, αποτελούν η υπερβόσκηση κατσικιών, οι εμπρησμοί (για τη βελτίωση των βοσκότοπων) και η επέκταση του οδικού δικτύου. Παρουσιάζει πλούσια βλάστηση από σπάνια είδη φυτών. Αποτελεί περιοχή πρωτευούσης σημασίας για προστασία. Επίσης, φιλοξενεί μια μεγάλη ποικιλία από πουλιά, ερπετά και αμφίβια, όπως τη Μεσογειακή φώκια και τη΄΄Σαύρα της Ικαρίας΄΄ (Lacerta oertzeni oertzeni).